Основной угрозой для этого вида, как и для прочих крупных диких кошек, на этих территориях является активное распространение морских плантаций и искусственных водоемов, которые создаются для разведения рыбы. Также негативное воздействие на популяцию кошки-рыболова оказывают браконьеры, охотники и скотоводы, отстреливающие кошек и расширяющие сельскохозяйственные угодья. Деятельность человека в этом регионе ведет к сокращению мангровых лесов, где обитают кошки-рыболовы.
Сейчас оставшиеся особи сконцентрированы в основном в национальных парках, но встречаются и за их пределами — на болотистых и водных землях. Это наиболее комфортная для них среда обитания: эти кошки способны ловить рыбу и умеют хорошо плавать.
В связи со сложившейся ситуацией в Индии был создан Комитет защиты крапчатой кошки. Его члены принимают меры для сохранения ее популяции и защиты диких мест обитания этого вида — оставшихся мангровых лесов и заболоченных территорий. Они занимаются популяризацией этого вопроса в районах, по соседству с которыми обитают эти кошки, и проводят просветительские мероприятия.
